Прежде, чем форматировать флэшку под NTFS необходимо изменить политику ее использования. Дело в том, что все мобильные накопители оптимизируются для быстрого и безопасного отключения, то есть Windows не пытается кэшировать записываемые на флэшку данные. Проще говоря - дождался завершения операции переноса данных на флэшку, вытащил ее и пошел. В то же время, для жестких дисков и накопителей, постоянно присутствующих в системе, включена оптимизация записи, когда Windows кэширует записываемые данные. Поэтому отключать такие накопители надо только через "безопасное извлечение устройства", чтобы все кэшированные данные были действительно перенесены на этот накопитель.

Чтобы включить для флэшки пункт "оптимизировать для выполнения", необходимо открыть Диспетчер Устройств Windows, в перечне накопителей выбрать нужную флэшку и в окне свойств перейти на закладку "Политика". Далее останется только щелкнуть мышкой на соответствующий пункт и нажать "ОК".
http://www.3dnews.ru/_imgdata/img/2009/03/02/114961.png
После выполнения вышеуказанных операций в списке доступных для форматирования флэшки файловых систем появится NTFS. Выбирайте этот пункт и форматируйте. Теперь на флэшку можно спокойно записывать файлы размером более 4 Гб.
http://www.3dnews.ru/_imgdata/img/2009/03/03/115115.png

После смены формата с FAT32 на NTFS наблюдается некоторое уменьшение скорости как чтения, так и записи, но оно незначительно и вряд ли пользователь сможет почувствовать данную разницу при повседневном использовании флэшки.